言語学者でも、言葉は間違えます。あまりStrictにしてしまうと、何も書けない・言えないという状態に陥るため、あまり厳密に揚げ足を取るような真似はしたくないと思います。
ただし以下の指摘は、現在の時点では日本語として間違っているものです。
雰囲気（○ふんいき ×ふいんき ×ふいいき）、全員（○ぜんいん ×ぜいいん）、疎覚え（○うろおぼえ ×うるおぼえ）、小遣い（○こづかい ×こずかい）、通り（○とおり ×とうり）、一応（○いちおう ×いちよう）
ことえりで試した限りでは、現在は ○ のついている読みで変換しないと正しい漢字が出てきませんが、これから変化して行くのかもしれないですね。
有名な話として、昔、山茶花は「さんちゃか」から「さんざか」、そして「さざんか」に変化したという例があります。中国語では山茶花は shanchahua だそうです。
いま「さんざか」で変換しても山茶花とは出ませんね。
そのうち、「ふいんき」で「雰囲気」と変換される日がくるのかもしれませんね。
ちなみにカタカナ語（外来語や和製英語）について細かい指摘をなさる方も多いですが、これは元々日本語では発音できないものをカタカナに当てはめているわけですから、一概にどれが正しいとは言えないような気がします。元の言葉が英語か、それ以外の言語かによっても変わりますね。それとも、正しい日本語としてどこかで標準が示されているんでしょうか。
しかし、以下はどうでしょうか。
×シュミレーション ○シミュレーション（simulation)
×アボガド ○アボカド (avocado)※ただし「アボガド」を使う人の方が多いらしいので微妙
×エグゼキュート ○エクスキュート (execute) ※ただし「exec」はエグゼクになる
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